Kerbala University journal of kerbala university 1813-0410 11 0 2015 01 01 Molecular and Biochemical Study of some Toxins of Helicobacter pylori Isolated from Iraqi Patients دراسة جزيئية و كيموحيوية لبعض سموم البكتريا Helicobacter pylori المعزولة من مرضى عراقيين 80 92 104308 EN Journal Article 2015 06 01 Helicobacter pylori have many virulence factors among them CagA and VacA toxins. Protein sequences of these toxins isolated form Iraqi patients were studied using different software. Results showed that amino acids composition is clearly differ from strains of other countries like China and Japan. Amino acids sequences had some conservation compared to VacA sequence(s). Hydrophobicity was the major character of the sequences. Amino acids segregated on different secondary structures : β sheets , α helixes and coils with non-homogenous patterns , some got all the structures , VacA (m and I regions ) devoted of α helixes , s1 has α helixes and β sheets , while s2 has only α helixes . Activity studies of CagA which depends on its tyrosine phsphorylation at EPIYA motif revealed that such sequence provide the environment for phosphorylation, since the insertion of tyrosine outside the motif showed no phosphorylation. The study indicates that all sequences are antigenic and most of them are virulent. Their interactions with other cell components using STRING database explain that the interaction is very complicated and depends on sequence. لسموم جين CagA (المنطقة الطرفية 3') وسم VacA بمختلف مناطقه (s,i,m) المعزولة من بكتريا Helicobacter pylori لمصابين عراقين بامراض مرتبطة بهذه الجرثومة باستخدام برامج مختلفة. و أوضحت النتائج اختلاف في نوعية الحوامض الامينية عن المسجل في السلالات من مناطق أخرى من العالم مثل الصين و اليابان. وامتازت تواليات السم CagA بنوع من الثبوت مقارنة بمناطق VacA التي اختلفت بشكل كبير في السلالات المختلفة . وأظهرت البروتينات صفة كراهية الماء بشكل عام . توزعت الحوامض الامينية على التراكيب الثانوية مثل صفائح بيتا وحلزونات الفا واللفات عشوائية الشكل ، اذ احتوت بعضها على التراكيب الثلاث ، في حين كانت جزيئات VacA / المنطقتين الوسطى والبينية (m,i) خالية من الحلزونات ، اما منطقة الإشارة (s) من السم فامتازت بوجود الحلزونات في s2 والقليل من الصفائح في s1 . درست فعالية السم CagA المعتمدة على الفسفرة وتبين ان البيئة التي يوفرها التوالي EPIYA ضرورية لفسفرة التايروسين اذ لم يكن بالإمكان فسفرته خارج هذا التوالي باستعمال برامج التنبؤ بحدوث عملية الفسفرة. كانت كل التواليات المدروسة مثيرة للمناعة واغلبها عد من عوامل الضراوة . تم حدس تداخلات الجزيئات مع مكونات الخلية الأخرى باستعمال التواليات كأساس للبحث في قاعدة البيانات STRING أظهرت النتائج تداخلات كبيرة وتختلف نوعا ما على الاختلاف في التواليات . https://kj.uokerbala.edu.iq/article_104308_5ac002260464b2fb59d6b4233e7a244e.pdf